Data do século XVIII o desbravamento da região na aldeia do Ararobá, onde as incursões dos portugueses encontraram os índios Xucurus, da nação dos tapuias, que habitavam a extensa serra do Ororubá ou Urubá, e os paratiós, espalhados pelos contrafortes da mesma serra. Para o trabalho de catequese, os jesuítas construíram um convento e uma capela em Ararobá.
Em 1762, a aldeia Ararobá foi elevada à vila e sede do município, com a denominação de Cimbres. Em 1836, a sede foi transferida para a povoação de Santa Águeda de Pesqueira, que se originou na Fazenda do Poço de Pesqueira ou do Pesqueiro, fundada pelo capitão-mor Manoel José de Siqueira, em 1800. Em 1893, instalou-se o município com o nome de Pesqueira. A partir de 1898, com a instalação das indústrias de doces, o município experimentou grande surto de progresso.